毛细管柱的分析，使用纯净、无氧的载气是非常重要的。在较高温度下，毛细管柱的固定相易于氧化。建议在所有毛细管柱分析中都使用脱水脱氧净化器。
同样，对所有火焰离子化检测器(FID)中的空气及尾吹气管路，建议采用净化器。另外，电子捕获检测器(ECD)的尾吹气管路要设置水份捕集器，上述气体的污染都会引起基线噪声。
进样口通常是易受污染的部位，衬套的洁净和良好惰性对于色谱柱性能有着十分重要的作用。在安装毛细管色谱柱之前，请仔细检查上述衬套是否有样品残留物及隔垫和密封圈的颗粒物。另外，衬套还必须进行脱活处理，以减少对敏感化合物的吸附与分解。
隔垫处可能是另一污染和泄露源。用久的隔垫往往会"去心"或在中心处可能出现孔洞而造成泄露，请注意经常换隔垫，最好选用耐高温的和低流失的隔垫．对新安装的隔垫，须先老化一夜，以减少隔垫流失。
必须确认检测器处于良好的工作状态，尤其是FID,请经常清洗火焰喷嘴。检查检测器的气体流速，以达到最佳柱性能。请注意检测器污染或不适当的载气流速都会降低灵敏度和柱效。
色谱柱在人工操作、存放及安装过程中会暴露于挥发性化合物之中。通过老化，可消除由此产生的基线干扰。
在安装后，所有的色谱柱至少加热老化一次。当进行高温分析和工作处于高灵敏度时，请您必须对柱重复进行几次老化程序。
在安装好毛细管色谱柱后，开始通如入载气，在室温下吹扫柱15min。以5℃/min的升温速率从室温加热至最高使用温度，然后保持45min。如果您在高灵敏度工作条件下或选用厚液膜柱，则老化程序应重复几次，并保持进样器及检测器的温度低于最高使用温度，确保色谱柱的稳定性。
柱污染会引起无数的麻烦。经常出现的现象有峰形不规则、基线跳动、保留时间改变以及吸附等。
预防柱污染：
首先是预防进样口的衬套。可以采用在进样口衬套内填充玻璃纤维或石英棉，些填充物为收集高分子量以及无机化合物提供了表面，这样可以减缓色谱柱的污染。当分析的样品比较"脏"时，请您注意经常更换进样口的衬套。
但是，尽管采用内填填充物的进样口衬套，污染物仍可能进入色谱柱。这些污染物会在色谱柱的前面冷凝、裂解或盐析，在以后的分析中会降低灵敏度和柱效。
恢复已污染色谱柱性能的最简易方法是，将色谱柱进样口端去掉1~2圈，因为大部分的污染物聚集在色谱柱的柱前1m处，去掉这几圈通常既可消除污染。另一个方法是用溶剂漂洗柱，但是这种方法比较费时，而且当溶剂选错时将会破坏固定相。
通常总是将色谱柱放置在洁净的桌面上，在不用时最好放入原来的包装．含PEG和氰基的固定相需封口，以防止氧化。氧化会导致基线噪声或基线升高。
样品容量的定义为，在峰不产生畸变的条件下，能注入柱的单个分析物的最大量。
色谱柱样品容量与任一给定柱长中所存在的固定相数量有关。随着固定相数量的增加，样品容量也将增加。样品容量也可借助较大孔径的色谱柱来增加。每单位长度的固定相绝对数量随柱直径而增大。
