流动相不同：
HPLC为液体流动相，GC为*性气体作流动相（通常叫做载气）
进样器不同：
液相为平头进样针，气相色谱为尖头进样针
色谱柱长不同：
气相色谱柱通常几米到几十米（气相色谱由于载气的相对分析量较低，分子间隙大，故粘度低，流动性好，组分在气相中流动速度快，因此可以增加柱长，以提高柱效）。
液相色谱柱通常为几十到几百毫米
分析种类有差异：
气相色谱分析的对象多为（不适）：分子质量小于1000，低沸点，易挥发，热稳定性好的化合物。
液相色谱：更适用于分析高沸点，难挥发，热稳定性差，分子质量较大（1000 – -2000）的液体化合物。
样品柱前变化不同：
气相色谱的样品在柱前必须变为气体（气化室汽化），而液相色谱的样品在柱前则无变化。
所用检测器有差异：
液相主要为：紫外检测器，荧光检测器、示差折光检测器…..
气相色谱主要为：氢火焰离子化检测器（FID）,热导检测器（TCD）,电子捕获检测器（ECD）,火焰光度检测器（FPD）,氮磷检测器（NPD）…..
气相色谱仪跟液相色谱仪的相同点：基本原理相同。
都是利用物质在流动相和固定相中的分配系数的差别，从而在两相间反复多次（1000-1000000次，甚至更多）的分配，使原来分配系数差别很小的各组分分离开来。
气相色谱仪的气相色谱法zui早出现于1952年，虽然比液相色谱晚了50年，但现已成为分离科学中较为成熟、使用zui普遍、运行zui容易的一种分离分析方法。它具有以下几个特点：
分离效率高，分离速度快，操作简便。由于气体粘度小，用其作为流动相时样品组分在两相之间可很快进行分配：气体通过盛有固定相管柱的阻力小，因此分离速度快。一根长1——2m的色谱柱，一般可有几千个理论塔板，对于长柱，甚至有一百多万个理论塔板，这样就可使一些分配系数很接近的、难以分离的物质，经过多次分配平衡，得到分离。
样品用量少，检测灵敏度高。由于样品是在气态下分离和在气体中进行检测的，有许多高灵敏度的检测器可供使用，虽样品用量少也能检测出来。气相色谱可以检测出pg级的物质。
选择性好。可选择对样品组分有不同作用力的液体、固体作为固定相，在适当操作温度下，使组分的分配系数有较大差异，从而将物理、化学性质相近的组分分离开。气相色谱法既可以应用于分析气体试样，也可分析易挥发或可转化为易挥发的液体和固体，不仅可分析有机物，也可分析部分无机物。
