液相色谱仪是属于易学难用的仪器，特别讲究“正确使用”和使用经验。此外，因为液相色谱仪是一种精密型仪器，在维护与保养、维修方面有着较高的要求。因此，使用人员掌握仪器故障原因或能更好的帮助自身使用仪器。
液相工作人员接触最多的应该是流动相，流动相是造成液相色谱各种问题的主要源头。其中，“堵”是液相色谱仪常见的故障。
“堵”的表现现象是柱压异常升高，直接原因是流路不畅。堵塞的主要位置是在色谱柱的前端，主要原因是流动相里有杂质，杂质的主要来源是细菌。
具体来说，“堵”的原因大概有三种，其一是配制流动相时细菌污染。首先，我们要认识到，一般的国产甲醇不需要额外过滤处理，直接使用没有问题，正容易引起问题的，是水中的细菌。新制备的纯水在室内放置几天会长菌，而这些细菌虽然肉眼不可见，却足以堵塞柱填料颗粒的空隙，造成柱子很快报废。这是在配制流动相时造成的细菌污染的原因，解决它的方法很简单，确保水的可靠性。如，购买实验室专用纯水机，购买市售品牌纯净水。
其二，使用流动相时的细菌污染。简单来说就是流动相刚开始没有长菌，在使用时却产生了细菌污染。这主要是在使用多元液相色谱仪时的一种不良使用习惯造成的，如50%的甲醇水流动相，有两种使用方式，一种方式是在上机前配好混合在一起，另一种方式是在流路A放纯甲醇，流路B放纯水。从单纯实验效果来说，后一种有明显的优点，但纯水在流动相瓶中几天时间会长细菌。因此，这种方式要求操作人员每次实验都要用新制备的纯水，更要求在每次实验后把水相换掉，换成甲醇冲洗干净，但多次使用中总有一两次会遗漏。
其三，不适当操作。常见问题的有以下几种：在更换零件时选择的型号有误，接口不是很匹配，在拧紧的时候产生变形而使得管路堵塞；样品处理液净化得不干净，长期会在六通阀和柱之间形成阻塞不畅；在使用手动六通阀时，有些人可能由于手劲小的原因，转动的不到位，于是造成流路形成了死堵，压力快速升高超过警戒值；在使用金属管路作出废液管时，应当注意先在废液瓶中放一些水，并把废液管的出口端放在液面下。
查堵的方法是从尾向前逆向分段拆开，仔细观察压力数值，如果液相色谱仪某一个部件（柱子除外）装上和拆下时的压力差别很大，可发展变化判断。至于柱的堵塞，可以通过换同样规格的柱的压力是否一致来判断。
