开机注意事项
要求使用220 V单相交流电。如发生断电，不管任何原因造成的，首先关闭仪器面板左下角的开关，等待供电恢复10分钟以上再开启电源，否则有可能烧毁电路板。仪器运行时需提供纯度>99%的氮气作为喷雾与干燥气，输出压力为0.6～0.7 MPa。实验开始前先检查液氮罐液体存量是否充足。仪器开机时，确认电源已经连接而且气振阀处于关闭，打开仪器总电源，随后将前面板左下方的电源按键按下，真空泵即开始工作。大约2～3分钟后，仪器内置的系统启动完毕，可以开启Mass hunter软件与仪器通讯。等待四极杆温度达到100℃，高真空达到4×10-5 Torr之后，即可进行调谐或开始实验。在仪器开始抽真空时，请不要打开前级泵上的气振阀，否则可能因为回油污染真空腔体内部。
流动相的要求
每次开机前，保证超纯水和流动相的新鲜，泵的各个管路不应余留上次残留的溶剂。流动相需符合HPLC与LC-MS要求等级，流动相中尽量加易挥发的盐，尽量不使用表面活性剂之类，否则容易导致离子抑制，表面活性剂产生的加合物和离子簇会干扰质谱数据。如果遇到离子抑制，可以把样品峰往后推或者改变提取方法，或者考虑用APCI源。尽量不使用无挥发性的缓冲剂，例如，磷酸缓冲剂等，磷酸盐及其他不挥发缓冲盐在离子源会沉淀并堵塞毛细管等。另外液质不能承受过大流速。溶剂瓶避免阳光直射。
样品的要求
保证样品的清洁，进样前尽量使用0.22 µm的滤膜滤过，避免样品太脏而堵塞色谱柱或离子源的毛细管;样品溶剂必须是色谱纯，应该和流动相比例一致;进样浓度不宜太高，因为太高浓度的样品容易污染灵敏度高的仪器，进而影响检验结果。由于液质的流速较小(ESI一般为0.2 mL/min)，所以配置样品的溶剂强度不能太大，尽量小于起始比例，否则，会出现保留时间偏移、峰形扭曲等问题。
进样系统的维护
对于液相色谱来说，无论是手动进样还是自动进样，都是使用六通阀进样的。进样装置要求：密封性好，死体积小，重复性好，保证中心进样，进样时对色谱系统的压力、流量影响小样。六通阀使用及维护注意事项：①样品溶液进样前必须用0.45 µm滤膜过滤，以减少微粒对进样阀的磨损。②转动阀芯时不能太慢，更不能停留在中间位置，否则流动相受阻，使泵内压力剧增，甚至超过泵的限值压力;再转到进样位时，过高的压力将使柱头损坏。③为防止缓冲盐和样品残留在进样阀中，每次分析结束后应冲洗进样阀。通常可用水冲洗，或先用能溶解样品的溶剂冲洗，再用水冲洗。注意：溶剂入口过滤芯为消耗品，尤其不可以使用超声清洗，可以使用稀硝酸浸泡，然后用水冲洗至中性，以重复使用。
色谱柱系统的维护
在色谱操作过程中，需要注意下列问题：①色谱柱的选择会直接影响混合物中组分的分离，所以一定要选用合适的色谱柱，在使用新柱前要在自己的液相色谱仪上进行性能测试，即使用色谱柱附带的检验报告上测试条件和样品来测定该色谱柱的柱效，并且在以后的使用中，应时常对色谱柱进行测试。②柱子在使用过程中，不能碰撞、弯曲或强烈震动;避免压力和温度的急剧变化，机械震动和温度的突然变化都会影响柱内的填充状况;柱压的突然升高或降低也会冲动柱内填料，因此在调节流速时应该缓慢进行。③当柱子和色谱仪联结时，阀件或管路一定要清洗干净，样品前处理对于柱子使用寿命影响甚大，进样样品要提纯过滤并且严格控制进样量，可以使用保护柱。④注意色谱柱的pH值使用范围，不能高温下过长时间使用硅胶键和相;每天分析工作结束后，都要用适当的溶剂来清洗柱子。若分析柱长期不使用，应用适当有机溶剂保存并封闭。
